1. No use file() a menos que realmente desee los datos línea por línea. file_get_contents() es mejor.
2. $query==file($file_name); No creo que quieras hacer una comparación aquí.
3. mysql_query solo ejecutará una sola consulta a la vez. Tendrá que idear alguna forma de separar sus consultas en el archivo y ejecutarlas una por una.