No existe la forma (TM) de hacerlo. Pero a partir de los 5 años de experiencia en hibernación, empiezo con el modelado y luego escribo a mano el DDL. Recomiendo no dejar que hibernate cree sus tablas porque hibernate no puede crear índices y restricciones decentes y normalmente necesita un script db init para el entorno de prueba, integración y producción. Migrar de esta manera también es más fácil.
Cuando todas las tablas están configuradas, dejo que el IDE genere las entidades. Siempre me confunden las relaciones inversas...
Una vez que se realiza el desarrollo, normalmente analizo el modelo nuevamente para agregar los índices que faltan.
Con hibernate no puede definir claves primarias como GENERATE ALWAYS , restringe como id > 0 . Hibernate también usará por defecto una sequence ant no agregará sequences por mesa. Las características más nuevas de Oracle y SQL Server no son compatibles.
Una vez leí que hibernate debería usarse después de implementar el modelo, pero debe haber sido 3.x y supongo que hibernate 4.x aprendió algunos trucos nuevos.
