Debe agregar la anotación @JoinColumn(name ="ID Column Name") junto con la anotación @ManyToOne o @OneToMany como mencionó ZaoTaoBao. Esta anotación determina el nombre de la columna que se utilizará como FK.
Consulte este vínculo para obtener más detalles:http://docs .oracle.com/javaee/6/api/javax/persistence/JoinColumn.html
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