¿Cómo establecer la condición en el siguiente código para marcar la página actual en la paginación?

Podrías cambiar tu ciclo for desde

 <?php
     for($i=1;$i <= $page;$i++){
     ?>

     <?php
     if ($id>1)
     { ?>
         <li class="active"><a href="?id=<?php echo $i ?>"><?php echo $i;?></a></li>
    <?php }
     ?>
    <!--     <li><a  href="?id=<?php echo $i ?>"><?php echo $i;?></a></li>  -->
      <?php
     }
      ?>

a:

<?php
for($i=1;$i <= $page;$i++){
  $class=($i==$id)? ' class="active"' : '';
  echo '<li'.$class.'><a href="?id='.$i.'">'.$i.'</a></li>';
}
?>

Si entendí su código correctamente, $page representa el total de páginas y $id representa la página actual, esto establecerá el número de página actual como la clase activa y dejará las otras páginas sin la clase