Columnas de la tabla de configuración -:setting_id | configuración_código | nombre_configuración | configuración_descripción
Columnas de la tabla de usuarios -:user_id | nombre_usuario | usuario_contraseña | etcétera
Columnas de la tabla de configuración de usuario -:user_setting_id | id_usuario_fk | configuración_código_fk | valor_configuración
estructura así:
Usuarios --> Configuración de usuario <---- Configuración
Espero que esto ayude.