Asignación de la salida de una consulta BQ a la variable

Simplemente agregue el --quiet flag (ignore las actualizaciones de estado mientras se ejecutan los trabajos) y canalícelo a awk :

query1="bq query --quiet --format=csv 'SELECT COUNT(1) as Count FROM [dataset.tablename] WHERE _PARTITIONTIME = TIMESTAMP(\"$date\")' | awk '{if(NR>1)print}'"