Ejecutar una consulta mysql desde phpmyadmin solo cambió 1 registro. Intenté ssh pero el mismo problema

A su consulta SELECT le falta una cláusula GROUP BY. Probablemente te refieres a:

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name