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PDO:¿Costo de llamar a prepare () en un bucle?

no querrá "volver a preparar" la misma consulta varias veces. este es el propósito de la declaración de preparación. lo prepara una vez, vincula la(s) variable(s), luego simplemente cambia los valores de las variables y vuelve a ejecutar cada iteración del bucle.

http://www.php.net/manual/en/pdostatement.bindparam .php

hacerlo de esta manera aumentará en gran medida su rendimiento en comparación con los métodos alternativos.