Uso de COUNT para mostrar registros distintos con más de 2 ocurrencias en MySQL

Su consulta es correcta, ha dejado un espacio entre COUNT y (Ciudad) debe ser COUNT(City) . eso funcionará bien. Su consulta debería ser así:

SELECT City, COUNT(city) Counts
  FROM `table1` 
 GROUP BY City
HAVING COUNT(city) >=2;

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