Cómo crear y ejecutar procedimientos en MySQL Workbench

¿Ha terminado toda la consulta? Intenta establecer un delimitador y utilícelo después del FIN para que el servidor sepa que terminó el comando.

delimiter //
CREATE PROCEDURE fill_points( 
IN size INT(10) 
) 
BEGIN 
DECLARE i DOUBLE(10,1) DEFAULT size; 

DECLARE lon FLOAT(7,4); 
DECLARE lat FLOAT(6,4); 
DECLARE position VARCHAR(100); 

-- Deleting all. 
DELETE FROM Points; 

WHILE i > 0 DO 
SET lon = RAND() * 360 - 180; 
SET lat = RAND() * 180 - 90; 

SET position = CONCAT( 'POINT(', lon, ' ', lat, ')' ); 

INSERT INTO Points(name, location) VALUES ( CONCAT('name_', i), GeomFromText(position) ); 

SET i = i - 1; 
END WHILE; 
END //
delimiter ;

Además, por cierto

Mientras que DELETE FROM TABLE elimina todos los datos de la tabla, TRUNCATE table lo hace más rápido. A menos que tenga buenas razones para usar DELETE (existen), TRUNCATE podría ser lo que quieres.