¿No puedo encontrar si la fila ya existe en mysql db usando la función de tiempo en la consulta php mysql?

Su tarea es:

$dis_date=date("Y-m-d H:i:s");

entonces $dis_date contiene una fecha y una hora del día. La consulta solo coincidirá si los registros en la tabla tienen exactamente la misma hora del día, no solo la misma fecha.

Debes dejar el tiempo fuera de la variable:

$dis_date=date("Y-m-d");

Si el tipo de datos de la columna en la tabla es DATETIME , también debe filtrar el tiempo a partir de eso, con:

AND DATE(ondate)='$dis_date' And subject='$subj_d'"

No necesita hacer esto si el tipo de datos es DATE .