obtener el valor de la clave principal de los datos como índice para la matriz asociativa

No es posible directamente desde la consulta SQL:pero puede recuperar todos sus datos y luego volver a asignar la matriz

Usando PHP 5.5 array_column() puedes hacer algo como:

$myarray['row_choice'] = array_combine(
    array_column($myarray['row_choice'], 'id'),
    $myarray['row_choice']
);

de lo contrario, para versiones anteriores de PHP, use array_map() en cambio

$myarray['row_choice'] = array_combine(
    array_map(
        function($value) {
            return $value['id'];
        },
        $myarray['row_choice']
    ),
    $myarray['row_choice']
);