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¿No debería mysql_real_escape_string() dejar barras en la base de datos?

Te lo estás perdiendo:escapar con barras diagonales inversas está destinado a garantizar que las consultas no tengan un formato incorrecto, p. algo como esto seguramente se romperá y posiblemente correrá el riesgo de inyecciones de SQL:

insert into table values ('whatever 'this' is')

y nada se guardará en la tabla, mientras que esto:

insert into table values ('whatever \'this\' is')

guardará el valor "sea lo que sea 'esto'" en la tabla.