Simplemente puede hacerlo usando On Duplicate Key Update . Agregue una clave única en el nombre / ID del estudiante y luego use el siguiente código en su disparador
begin
insert into summary_score (name,number,all_marks)
values(new.name,new.marks,new.score)
on duplicate key update all_marks=old.all_marks+new.student_marks
where B.Name=new.Name;
end $$