Lo está generando exactamente como lo almacena MySQL. El navegador está configurado para mostrarlo de forma diferente a como lo muestra porque está enviando contenido de texto a una página HTML. (En particular, no muestra una nueva línea para cada nueva línea que genera).
Para que se muestre correctamente en HTML, debe reemplazar las líneas nuevas con un carácter de salto de línea, nl2br
es una función útil para este propósito exacto.
Otras formas de obligar al navegador a que lo muestre como desea es establecer el tipo de contenido como text/plain en lugar de text/html o usa el <pre> etiqueta.
