mysqlimport cmdline-tool tiene soporte para importar archivos csv, y IIRC admite el mapeo de diferentes columnas en csv en diferentes columnas en su tabla.
http://linux.die.net/man/1/mysqlimport
Me doy cuenta de que es solo un contenedor de línea cmd para la instrucción sql LOAD DATA INFILE, que se puede usar en su lugar.
Si necesita reorganizar los datos, puede simplemente importar el plano csv a una tabla equivalente y, desde allí, insertar... seleccionar de
