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MySQL:dos claves externas en una tabla que se refieren a otra tabla

Y aquí vamos:especificaste los mismos alias para las relaciones.

User:
  relations:
    viewed_by: 
       class: View
       local: user_id
       foreign: viewed_id
       type: many
       foreignType: one
       foreignAlias: viewed

    viewed:
      class: View
      local: user_id
      foreign: viewer_id
      type: many
      foreignType: one
      foreignAlias: viewer

O configuras toda la relación de muchos a muchos de manera diferente:

User:
   relations:
     viewed_by: 
       class: User 
       local: viewed_id
       foreign: viewer_id,
       refClass: View
     viewed:
       class: User
       local:viewer_id
       foreign: viewed_id
       refClass: View

y View debería verse como

View:
  columns:
    viewed_id:
      type: integer
      primary: true
    viewer_id:
      type: integer
      primary: true

Consulte la documentación de Doctrine en relaciones de muchos a muchos .