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Desinfectando la entrada pero la salida no es la esperada

Mi sugerencia es crear una función para desinfectar todas sus entradas de texto y una función para verificar todas sus salidas que provienen de la base de datos o de cualquier otra fuente, como la siguiente:

<?php
// filter for user input
function filterInput($content)
{
    $content = trim($content);
    $content = stripslashes($content);

    return $content;
}

//filter for viewing data
function filterOutput($content)
{
    $content = htmlentities($content, ENT_NOQUOTES);
    $content = nl2br($content, false);

    return $content;
}

dependiendo de su estrategia, puede agregar funciones adicionales al filtro o eliminar algunas. Pero lo que tiene una función aquí es suficiente para protegerlo contra XSS.

EDITAR: además de la función anterior, esta respuesta también podría ser relevante en parte de la protección de su sitio web.

Referencia a los diferentes métodos:

También es una buena idea mirar los siguientes enlaces:

Y lo que es más importante, es bueno estar al tanto de los 10 principales riesgos y obtener más información al respecto.