Consulta sobre una relación de muchos a muchos usando Doctrine con Symfony2

Puede escribir una consulta DQL de unión como se muestra a continuación

$em = $this->getContainer()->get('doctrine')->getManager();
$repository = $em->getRepository('YourNamespaceYourBundle:User');
$query = $repository->createQueryBuilder('u')
    ->innerJoin('u.groups', 'g')
    ->where('g.id = :group_id')
    ->setParameter('group_id', 5)
    ->getQuery()->getResult();

Tu mapeo para groups propiedad en User la entidad manejará la parte de unión por sí misma, no es necesario que mencione la tabla de unión en su consulta DQL