Cómo insertar valores de selección múltiple

1) Debe agregar VALUE atributo en su cuadro de selección .

2) No tratar INSERT query COMO UPDATE query

Su cuadro de selección

<select name=thematique[] multiple>
        <option value="MIE"> MIE </option>
        <option value="Migration"> Migration </option>
        <option value="Reunification_familiale"> Reunification familiale </option>
      </select>

Su archivo php para insertar en tres campos separados

<?php 
foreach ($_POST['thematique'] as $thematique) 
{
 ///your insert code//
 $bdd->exec("INSERT INTO categorisation (`thematique`) VALUES ('".$thematique."'");
}?>