Logré arreglarlo finalmente. El problema no está relacionado con HikariCP. El problema persistió debido a algunos métodos complejos en los controladores REST que ejecutan múltiples cambios en la base de datos a través de repositorios JPA. Por alguna razón, las llamadas a estas interfaces dieron como resultado un número creciente de conexiones activas "congeladas", agotando el grupo. Ya sea anotando estos métodos como @Transactional o envolver toda la lógica en una sola llamada al método de servicio transaccional parece resolver el problema.
