Para MySQL (5.6+) puede hacer esto:
SELECT ROUND(UNIX_TIMESTAMP(CURTIME(4)) * 1000)
Que devolverá (p. ej.):
1420998416685 --milliseconds
Para MySQL (5.6+) puede hacer esto:
SELECT ROUND(UNIX_TIMESTAMP(CURTIME(4)) * 1000)
Que devolverá (p. ej.):
1420998416685 --milliseconds