PostgreSQL:se ignora la actualización con la autounión externa izquierda

Solo te falta un WHERE de conexión cláusula:

UPDATE catalog_category c
SET    leaf_category = true
FROM   catalog_category c1 
LEFT   JOIN catalog_category c2 ON c1.id = c2.parent_id
WHERE  c.id = c1.id
AND    c2.parent_id IS NULL;

Este formulario con NOT EXISTS es probablemente más rápido, haciendo lo mismo:

UPDATE catalog_category c
SET    leaf_category = true
WHERE  NOT EXISTS (
    SELECT FROM catalog_category c1
    WHERE  c1.parent_id = c.id
    );

El manual para UPDATE .

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