cómo calcular la prevalencia usando el código sql

En su consulta actual, cuenta el número de filas en la tabla de enfermedades, una vez usando la columna condition_id, una vez usando la columna person_id. Pero el número de filas es el mismo, por eso obtienes 1 como resultado.

Creo que necesitas encontrar el número de valores diferentes para estas columnas. Esto se puede hacer usando conteo distinto:

select (COUNT(DISTINCT condition_id)/COUNT(DISTINCT person_id)) as prevalence
from disease
where condition_id=12345;