He reproducido el problema en mi sistema,
postgres=# alter user my-sys with password 'pass11';
ERROR: syntax error at or near "-"
LINE 1: alter user my-sys with password 'pass11';
^
Aquí está el problema,
psql está solicitando información y usted ha dado nuevamente la consulta de modificación, consulte postgres-#
Por eso da error al alterar
postgres-# alter user "my-sys" with password 'pass11';
ERROR: syntax error at or near "alter"
LINE 2: alter user "my-sys" with password 'pass11';
^
La solución es tan simple como el error,
postgres=# alter user "my-sys" with password 'pass11';
ALTER ROLE