Usa unnest para convertir la matriz en filas, y luego array_agg para construir una matriz a partir del id s
Debería ser algo como esto:
SELECT v AS value_repeated,array_agg(id) AS is_repeated_on FROM
(select id,unnest(array) as v from my_table)
GROUP by v HAVING Count(Distinct id) > 1
Tenga en cuenta que HAVING Count(Distinct id) > 1 está filtrando valores que no aparecen ni una sola vez