Defina el ManyToManyField en uno de sus modelos (por ejemplo, Sample ) especificando un through opción como documentado aquí :
class Sample(models.Model):
id = ...
containers = models.ManyToManyField(Container, through='JoinSampleContainer', through_fields=('sample_id', 'container_id'),
related_name='samples')
Nota:debe nombrar los campos en sus modelos para facilitar la lectura (y usar db_column para especificar la columna DB que se utiliza). Usar id en lugar de sample_id , es mucho más legible usar sample.id en lugar de sample.sample_id . Y usa sample en lugar de sample_id , resp container en lugar de container_id en el modelo pasante.
