Actualmente cualquier tipo de distinción dentro de los grupos (como Distinct dentro de ElementSelector de GroupBy u otro GroupBy dentro de ElementSelector de GroupBy ) no es compatible con EF Core . Si insiste en usar EF en este caso, debe buscar algunos datos en la memoria:
var result = (await _context.Items
.Select(p => new { p.ParentAId, p.ParentBId })
.Distinct()
.ToListAsync()) // When EF supports mentioned cases above, you can remove this line!
.GroupBy(i => i.ParentBId, i => i.ParentAId)
.ToDictionary(g => g.Key, g => g.Distinct().Count());