Obtener el contenido de una vista Eclipse RCP

Puede usar org.eclipse.ui.IWorkbenchPage.findView(String) para devolver IViewPart (la instancia del objeto contribuido que creó esa vista). A partir de ahí, tendría que saber y tener acceso a la clase y las partes internas para obtener su objeto Tree:

IViewPart part = workbench.getActiveWorkbenchWindow().getActivePage()
    .findView(MyView.ID);
if (part instanceof MyView) {
    MyView view = (MyView) part;
    // now access whatever internals you can get to
}