Puedes hacer esto con una simple actualización:
UPDATE your_table SET password_col = ENCRYPT(password_col,'some salt')
O, si está utilizando CARGAR ARCHIVO DE DATOS para completar la tabla, puede cifrar las contraseñas y luego:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv' INTO TABLE your_table
(col1,...,@password,...,coln)
set password_col = ENCRYPT(@password,'some salt')
