Hay un parche para phpMyAdmin que proporciona registro configurable con solo algunas modificaciones de código simples.
Hicimos esto en mi trabajo y luego lo ajusté aún más para iniciar sesión en carpetas por día, registrar direcciones IP y un par de cosas más y funciona muy bien.
Gracias @Unreason por el enlace, no podía recordar dónde lo encontré.
