Eliminación de direcciones de correo electrónico duplicadas según la identificación más baja en mysql

Su consulta parece ser correcta. Su problema parece ser un problema de rendimiento, no un problema de lógica. Deberá asegurarse de que tanto su emailaddress y id los campos están correctamente indexados en la base de datos; de lo contrario, con cerca de un millón de filas, esperaría que su consulta se bloquee.

(Supongo que id probablemente ya esté indexado, pero no emailaddress . Especialmente al hacer una unión entre tablas, si alguno de estos campos no está indexado, verá MUCHOS escaneos completos de tablas).

Editar:

Al ver su comentario de que este es el caso, puede seguir la documentación en http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/create-index.html para la creación de índices. Así que algo como:

CREATE INDEX email_index ON emaildata(emailaddress) USING BTREE;