Su consulta en el código PHP no producirá el resultado deseado porque lo tiene configurando Position y Secondary al mismo valor. Basado en los datos de muestra que proporcionó que no devolverán nada.
Si está buscando una consulta para seleccionar jugadores elegibles para el dropdwon, puede cambiar la consulta para que se vea así:
SELECT * FROM `allsquads`
WHERE `Team` = '$t1select'
AND (`Position` = '$position[$i]' OR `Secondary` = '$position[$i]')
