Puede usar un $where. Solo tenga en cuenta que será bastante lento (tiene que ejecutar código Javascript en cada registro), así que combínelo con consultas indexadas si puede.
db.T.find( { $where: function() { return this.Grade1 > this.Grade2 } } );
o más compacto:
db.T.find( { $where : "this.Grade1 > this.Grade2" } );
UPD para mongodb v.3.6+
puedes usar $expr como se describe en la respuesta reciente
