Mongoose siempre devuelve una matriz vacía NodeJS

La llamada a mongoose.model establece el nombre de la colección a la que está vinculado el modelo, siendo el nombre del modelo en minúsculas y en plural el valor predeterminado. Así que con tu código, eso sería 'models' . Para usar el modelo con los files colección, cambia esa línea a:

var Model = mongoose.model("Model", fileSchema, "files");

o

var Model = mongoose.model("file", fileSchema);