De acuerdo con el buen manual, createConnection()
puede utilizarse para conectarse a varias bases de datos.
Sin embargo, debe crear modelos separados para cada conexión/base de datos:
var conn = mongoose.createConnection('mongodb://localhost/testA');
var conn2 = mongoose.createConnection('mongodb://localhost/testB');
// stored in 'testA' database
var ModelA = conn.model('Model', new mongoose.Schema({
title : { type : String, default : 'model in testA database' }
}));
// stored in 'testB' database
var ModelB = conn2.model('Model', new mongoose.Schema({
title : { type : String, default : 'model in testB database' }
}));
Estoy bastante seguro de que pueden compartir el esquema entre ellos, pero deben verificar para estar seguros.