conexión mongoengine y múltiples bases de datos

Si cada uno de sus modelos está vinculado a una base de datos diferente. Debería usar algo como esto (cfr docs ):

connect('workouts', alias='dbworkouts')  # init a connection to database named "workouts" and register it under alias "dbworkouts"
connect('users', alias='dbusers')    

class Workout(Document):
    meta = {"db_alias": "dbworkouts"}
    workoutID = UUIDField()
    ...

class UserModel(Document):
    meta = {"db_alias": "dbusers"}
    userID = UUIDField()
    ...