Mongodb ordenar matriz interna

Puedes hacer esto por $unwind ing las updates array, ordenando los documentos resultantes por date y luego $group volver a unirlos en _id utilizando el orden ordenado.

db.servers.aggregate(
    {$unwind: '$service.apps.updates'}, 
    {$sort: {'service.apps.updates.date': 1}}, 
    {$group: {_id: '$_id', 'updates': {$push: '$service.apps.updates'}}}, 
    {$project: {'service.apps.updates': '$updates'}})