¿Cómo actualizo los criterios de coincidencia de Array Elements en un documento MongoDB?

Desde mongodb shell puedes hacer esto por

db.your_collection.update(
    { _id: ObjectId("your_objectid"), "Statuses.Type": 1 },
    { $set: { "Statuses.$.Timestamp": "new timestamp" } }
)

entonces el equivalente de C#

var query = Query.And(
    Query.EQ("_id", "your_doc_id"),
    Query.EQ("Statuses.Type", 1)
);

var result = your_collection.Update( 
    query, 
    Update.Set("Statuses.$.Timestamp", "new timestamp", UpdateFlags.Multi,SafeMode.True)
); 

Esto actualizará el documento específico, puede eliminar el filtro _id si desea actualizar toda la colección