Si no tiene ganas de iterar, intente
FBFriendModel.find({ id:333 }).remove( callback );
o
FBFriendModel.find({ id:333 }).remove().exec();
mongoose.model.find devuelve una Consulta, que tiene un remove función.
Actualización para Mongoose v5.5.3 - remove() ahora está en desuso. Usa deleteOne() , deleteMany() o findOneAndDelete() instead.
