Actualmente no hay forma de filtrar en documentos incrustados en la forma que estás describiendo. El uso de la notación de puntos le permite hacer coincidir un documento incrustado, pero se devolverá el documento completo, principal y todo. También es posible seleccionar qué campos se devolverán, pero eso tampoco ayuda en su caso.
Tenemos un caso de "colecciones virtuales", que implementaría la funcionalidad deseada; siéntete libre de votarlo:
http://jira.mongodb.org/browse/SERVER-142
Mientras tanto, probablemente debería tratar los comentarios como su propia colección. En general, si necesita trabajar con un conjunto de datos determinado, conviértalo en una colección. Si es mejor concebirlo como parte de algún otro conjunto, es mejor incrustarlo.
