En versiones anteriores, habría tenido que desplegar el controlador nativo de node-mongodb. Cada modelo tiene un objeto de colección que contiene todos los métodos que ofrece node-mongodb-native. Entonces puedes hacer la acción en cuestión así:
User.collection.update({_id: user._id}, {$unset: {field: 1 }});
Desde la versión 2.0 puedes hacer:
User.update({_id: user._id}, {$unset: {field: 1 }}, callback);
Y desde la versión 2.4, si ya tiene una instancia de un modelo, puede hacer:
doc.field = undefined;
doc.save(callback);
