¡Estás muy cerca! Recuerde que su "contenido" más externo es una matriz en sí misma. Entonces, el siguiente cambio de 2 caracteres funciona, use content.$.assets dentro del valor de $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Zoom adelante.