MongoDB - ¿Consulta sobre el último elemento de una matriz?

En 3.2 esto es posible. Primero proyecte para que myField contenga solo el último elemento y luego haga coincidir en myField.

db.collection.aggregate([
   { $project: { id: 1, myField: { $slice: [ "$myField", -1 ] } } },
   { $match: { myField: "myValue" } }
]);