Mongoose no crea índices

Engancha el 'index' evento en el modelo para ver si se producen errores al crear el índice de forma asíncrona:

User.on('index', function(err) {
    if (err) {
        console.error('User index error: %s', err);
    } else {
        console.info('User indexing complete');
    }
});

Además, habilite el registro de depuración de Mongoose llamando:

mongoose.set('debug', true);

El registro de depuración le mostrará el ensureIndex llamada que está haciendo para que crees el índice.