Reemplazo de documento incrustado en matriz en MongoDB

Está utilizando el patrón "matriz de objetos". Puede usar el operador posicional, debería verse así:

coll.update( {'_id':'2', 'users._id':'2'}, {$set:{'users.$':{ "_id":2,"name":"name6",... }}}, false, true)

En mi experiencia, el patrón de "matriz de objetos" no es óptimo si los objetos tienen una identificación natural. En su caso, esto podría modelarse de la siguiente manera:

{
  "_id" : "2",
  "users" : 
    { "1" : { "name" : "name1", "xyz..." : "xyz1..." }, 
      "2" : { "name" : "name2", "xyz..." : "xyz2..." }
    }
  "name" : "main name"
}

En este caso, puede usar la notación de puntos para actualizar fácilmente el elemento que desea.

var newValue = {  "name" : "name6", "xyz..." : "xyz5...", "morefields..." : "fields..." };
coll.update({_id: 2}, { $set: { "users.2" : newValue } });