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¿Por qué MongoDB ocupa tanto espacio?

Básicamente, esto es mongo preparándose para la inserción de datos. Mongo realiza una preasignación de almacenamiento de datos para evitar (o minimizar) la fragmentación en el disco. Esta preasignación se observa en forma de archivo que el mongod instancia crea.

Primero crea un archivo de 64 MB, luego 128 MB, luego 512 MB, y así sucesivamente hasta llegar a archivos de 2 GB (el tamaño máximo de los archivos de datos preasignados).

Hay algunas cosas más que hace mongo que podrían ser sospechosas de usar más espacio en disco, cosas como escribir un diario...

Para obtener mucha, mucha más información sobre cómo mongoDB utiliza el espacio de almacenamiento, puede consultar esta página y, en concreto, la sección titulada ¿Por qué los archivos de mi directorio de datos son más grandes que los datos de mi base de datos?

Hay algunas cosas que puede hacer para minimizar el espacio que se usa, pero estas técnicas (como usar --smallfiles opción) generalmente solo se recomiendan para uso de desarrollo y prueba, nunca para producción.