Actualizar campos programáticamente en Mongo y Meteor

Debe configurar la clave en su actualización $set parámetro correctamente:

var update = function(value, id, update_string) {
   var update_query = {};
   update_query[update_string] = value 
   Collection.update({_id:id}, {$set:update_query})
}  

Básicamente sin la modificación anterior, si usó {update_string:value} estaría configurando el valor de update_string , no coordinates.lat .