¿Cómo defino métodos en un modelo Mongoose?

No especificó si estaba buscando definir métodos de clase o de instancia. Dado que otros han cubierto métodos de instancia, así es como definiría una clase/método estático:

animalSchema.statics.findByName = function (name, cb) {
    return this.find({ 
        name: new RegExp(name, 'i') 
    }, cb);
}