No está disponible directamente, pero puede hacerlo usando un $cond operador y un $subtract dentro de un $project así (como un objeto de JavaScript):
{ $project: {
amount: {
$cond: [
{ $lt: ['$amount', 0] },
{ $subtract: [0, '$amount'] },
'$amount'
]
}}}
Entonces si amount < 0 , luego 0 - amount se utiliza, de lo contrario amount se usa directamente.
ACTUALIZAR
A partir de la 3.2 lanzamiento de MongoDB, puede usar el nuevo $abs operador de expresión de agregación para hacer esto directamente:
{ $project: { amount: { $abs: '$amount' } }